多篇 Nature 论文全面破译所有人体组织的基因活性

2017-10-13 序说
0 0

本周《自然》和《自然 - 遗传学》发表的系列论文全面介绍了 基因表达在人体不同组织和不同个体中的差异 ,这些发现为认识健康组织中基因变异和基因表达的关联带来了新启示,有望揭示出有关疾病分子起源的新线索。

未标题 -1

量化不同层面的分子和细胞表型。eGTEx 项目计划研究个体和组织的端粒长度、DNA 可获取性、组蛋白修饰、DNA 和 RNA 甲基化、体细胞突变、等位基因特异性表达和蛋白质定量。

人类基因组编码指令来调控基因表达,基因表达因细胞类型的不同而存在差异,产生具有不同功能的多样化组织;它们在不同个体中也存在差异。驱动这些差异产生的序列一般处于基因组的非编码区域,它们决定基因表达的方式和时间。但是,目前有关基因调控和基因表达在不同人体组织和个体中的差异的研究仍然较为有限。

基因型 - 组织表达(GTEx)研究联盟收集并研究了来自 449 名生前健康的人类捐献者的 7000 多份尸检样本,涵盖 44 个组织(42 种不同的组织类型),包括 31 个实体器官组织、10 个脑分区、全血、两个来自捐献者血液和皮肤的细胞系,作者 利用这些样本研究基因表达在不同组织和个体中有何差异 。他们在《自然》论文Genetic effects on gene expression across human tissues 中报告称,他们采用了表达定量性状遗传位点(eQTL)作图法,显示大多数的 人类基因受局部变异的影响,变异序列靠近受影响的基因 。他们还鉴定出有 93 个基因的表达受到距离较远的变异的影响,包括位于不同染色体上的变异。

未标题 -2

在 GTEx v6p 研究中样本的大小和表达基因的发现。

在本期《自然》中,还有一篇论文 The impact of rare variation on gene expression across tissues 考察了 罕见变异在基因表达中的作用 ,两篇论文Landscape of X chromosome inactivation across human tissuesDynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals采用 GTEx 数据探讨了与基因表达相关联的基因变异如何能够调节 RNA 编辑和 X 染色体失活现象 。在《自然 - 遗传学》发表的一篇相关评论文章Enhancing GTEx by bridging the gaps between genotype, gene expression, and disease 中,作者介绍了 Enhancing GTEx 项目,它是 GTEx 项目的扩展,为研究 遗传差异如何通过分子表型一步步影响人类健康 提供了资源。

未标题 -3

X 染色体失活现象研究的示意图概览。

综合而言,这些发现凸显了源自不同个体和不同组织的数据对于鉴定人类疾病相关变异背后的基因和机制的价值。“各方齐心协力,克服了大规模获取人体死后样本所存在的伦理、法律和技术挑战,” Michelle Ward 和 Yoav Gilad 在相应的新闻与观点文章 Human genomics: Cracking the regulatory code 中写道,“GTEx 研究联盟生成的广泛数据使我们向破译基因组调控密码又前进了一步。基因变异对于基因表达的影响正逐渐变得明晰起来。”

未标题 -4

GTEx 研究联盟的数据收集。

期刊参考

# 论文信息 引用次数 全文下载
1 Genetic effects on gene expression across human tissues 暂无下载
2 Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals 暂无下载
3 The impact of rare variation on gene expression across tissues 暂无下载
4 Landscape of X chromosome inactivation across human tissues 暂无下载
5 Enhancing GTEx by bridging the gaps between genotype, gene expression, and disease 暂无下载

相关标签

  • Nature

    Nature

    英国著名杂志《Nature》是世界上最早的国际性科技期刊,自从 1869 年创刊以来,始终如一地报道和评论全球科技领域里最重要的突破。

  • 基因表达

    基因表达

    基因表現(英语:Gene expression)是用基因中的信息来合成基因产物的过程。 产物通常是蛋白质,但对于非蛋白质编码基因,如转运 RNA(tRNA)和小核 RNA(snRNA),产物则是 RNA。 所有已知生物都通过基因表达来生成生命所需的高分子物质。

  • 基因变异

    基因变异

    基因变异是指基因组 DNA 分子发生的突然的可遗传的变异。从分子水平上看,基因变异是指基因在结构上发生碱基对组成或排列顺序的改变。

  • eGTEx Project

    eGTEx Project

    暂无简介

参与讨论

使用匿名身份评论
  • 暂无评论,请抢占。