橡胶树 HeveaDB 基因组数据库平台完成测试

2018-06-13 序说
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日前,中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树 HeveaDB 基因组数据库平台(hevea.catas.cn)上线运行,并在国际橡胶研究与发展委员会(IRRDB)各成员国间开展测试工作。经过 1 个月的测试,数据库平台各项指标保持稳定,运行可靠,达到预期效果。

近年来,随着基因组测序技术的进步,已有四个国家(马来西亚、泰国、中国和日本)独立绘制并公开发表了橡胶树基因组草图,其中由中国热带农业科学院橡胶研究所完成的草图版本质量最高。同时还产生了大量转录组数据。这些数据亟需一个整合的数据平台来储存、分发和共享,并进行二次挖掘利用。

2017 年召开的 IRC2017 国际橡胶会议提出要搭建橡胶树基因组数据中心的计划。在 IRRDB 理事会上,中国热科院代表经过争取,获得了牵头搭建橡胶树基因组数据中心的任务,并由“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队承担开发工作。经过努力,创新团队成功搭建了橡胶树基因组数据库 HeveaDB 初期版本,并于 2018 年 4 月底在国内外开展试运行测试。

HeveaDB 数据库主要储存了橡胶树 4 个版本的基因组草图、1 个遗传图谱、142 个转录组数据、49235 条 EST 序列、30200 个基因注释、12 个基因家族的信息,以及 5049 个 IRRDB 1981’野生种质资源材料和 18328 个魏克汉材料信息。并以中国热科院橡胶研究所完成的热研 7 -33-97 品种的基因组数据为参考基因组,进行了二次挖掘和分析,进行可视化展示。

经过 1 个月的试运行,HeveaDB 数据库访问量达到 1600 余次,共有来自中国、马来西亚、法国、巴西、日本、印度、越南、英国、印度尼西亚等 10 余个国家和地区的 200 多位独立访客点击访问,反馈了意见和建议。下一步,将根据建议在数据库易用性、后基因组数据分析等方面进行二次开发和功能升级,并根据橡胶树基因组研究进展及时更新数据内容。

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